El aeropuerto de Son Sant Joan ha recibido la certificación del programa de Acreditación de Salud Aeroportuaria (AHA) del Consejo Internacional de Aeropuertos (ACI), que acredita el aeródromo como «aeropuerto seguro». Se trata de un programa que evalúa el cumplimiento de las medidas sanitarias recomendadas por ACI, la Organización de Aviación Civil Internacional (OACI), la EASA, el Centro Europeo de Prevención y Control de Enfermedades (ECDC) y las guías de la Organización Mundial de la Salud (OMS).
Desde Aena han señalado que, de acuerdo con el Centro Europeo de Control y Prevención de Enfermedades (ECDC), «el transporte aéreo se ha demostrado como un entorno de baja prevalencia del virus sumando menos del 1% de los casos detectados de COVID-19 y sin aumento en la ratio de transmisión».